Theo đó, Bộ GTVT yêu cầu VNR và các đơn vị thành viên rà soát, điều chỉnh, hạch toán đúng quy định. Đồng thời tự rà soát, hạch toán điều chỉnh các nội dung nêu tại kết luận, kiến nghị xử lý đảm bảo đúng chế độ tài chính kế toán. Qua đó, xác định các chỉ tiêu tài chính, kết quả kinh doanh sau điều chỉnh, trường hợp phát sinh nghĩa vụ với Nhà nước về thuế, phí… phải kê khai nộp đầy đủ, đúng quy định.
Về quản lý và xử lý trách nhiệm, VNR phải kiện toàn hệ thống quản trị doanh nghiệp… phân định rõ giữa quản lý nhà nước và quản lý kinh doanh của doanh nghiệp, giữa kinh doanh kết cấu hạ tầng và kinh doanh vận tải trên đường sắt do Nhà nước đầu tư. VNR phải xây dựng đủ các định mức, đơn giá về nguyên vật liệu, tiền lương, các chi phí quản lý doanh nghiệp…
Bên cạnh đó, rà soát toàn bộ các dự án đầu tư để điều chỉnh và kiến nghị điều chỉnh các chi phí bất hợp lý, thanh quyết toán các dự án đầu tư đã quá hạn.
Bộ GTVT chỉ đạo VNR xóa bỏ tình trạng độc quyền.
Bộ GTVT cũng chỉ đạo VNR phải rà soát lại việc quản lý sử dụng đất đai để thanh lý hợp đồng và xử lý những trường hợp sử dụng sai mục đích, lấn chiếm.
Phối hợp với các địa phương có hệ thống đường sắt đi qua thực hiện cắm mốc giới, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất…, báo cáo Bộ GTVT cùng các địa phương xử lý và quản lý sử dụng hiệu quả.
Bộ GTVT yêu cầu các vụ và Cục Đường sắt Việt Nam tham mưu xử lý các nội dung theo kết luận thanh tra. Đồng thời sớm chỉ đạo VNR khắc phục, kiểm tra, xử lý đảm bảo quản lý chặt chẽ nguồn lực nhà nước giao, tách bạch rõ kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt với kinh doanh vận tải, xóa bỏ độc quyền…
Bộ GTVT giao Thanh tra Bộ đôn đốc, theo dõi các đơn vị thực hiện các kết luận, kiến nghị của Thanh tra Chính phủ. Tổng hợp báo cáo Thanh tra Chính phủ kết quả thực hiện kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ. Đồng thời báo cáo kết quả thực hiện cho Bộ GTVT trước ngày 5-10.
Như Pháp Luật TP.HCM đã thông tin, ngày 26-8-2016, Thanh tra Chính phủ đã có kết luận về việc chấp hành quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại VNR và một số đơn vị thành viên.
Tại kết luận này, Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra những vi phạm của VNR và các đơn vị thành viên thời gian qua.
