Mục tiêu chung của Đề án là Trường Đại học Tôn Đức Thắng chủ động huy động, sử dụng hợp lý, hiệu quả nhất các nguồn lực của Trường và xã hội (không sử dụng vốn ngân sách nhà nước) để phát triển thành một trường đại học định hướng nghiên cứu có chất lượng ở trong khu vực và trên thế giới; đồng thời bảo đảm các đối tượng chính sách, đối tượng thuộc hộ nghèo có cơ hội tiếp cận các chương trình đào tạo của Trường.
Mục tiêu cụ thể của Đề án là thực hiện thí điểm cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm toàn diện, trên cơ sở thực trạng hoạt động của Trường trong thời gian qua nhằm tăng cường sự chủ động, nâng cao hiệu quả trên tất cả các mặt đào tạo, nghiên cứu, hợp tác quốc tế, tài chính và nhân sự cho Trường; tiếp tục nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, giảng viên, nghiên cứu viên, viên chức của Trường; bảo đảm chất lượng đầu ra của sinh viên tốt nghiệp theo cam kết với xã hội; đổi mới chương trình đào tạo theo hướng tiếp cận chương trình của các nước có nền giáo dục tiên tiến trên thế giới; đẩy mạnh nghiên cứu khoa học; tiếp tục phát triển nhanh, đồng bộ, hiện đại cơ sở vật chất của Trường.
Theo nội dung đổi mới hoạt động, Trường sẽ xây dựng và thực hiện chương trình đào tạo bảo đảm chuẩn kiến thức và kỹ năng của người học sau khi tốt nghiệp; bảo đảm đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý; giáo trình, tài liệu giảng dạy, học tập và cơ sở vật chất phục vụ đào tạo đáp ứng các điều kiện theo quy định; chủ động mở ngành đào tạo trình độ cao đẳng, đại học, thạc sĩ, tiến sĩ phù hợp với điều kiện về đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý và cơ sở vật chất của Trường, đáp ứng nhu cầu xã hội…
Đồng thời, xây dựng phương án tuyển sinh riêng phù hợp; tự chủ liên kết đào tạo (có cấp bằng), nghiên cứu khoa học, công nghệ và triển khai với đối tác trong nước và quốc tế...
Về học phí, năm học 2014-2015 là 13 triệu đồng/người học/năm, năm học 2015-2016 tăng lên 14,95 triệu đồng/người học/năm và đến năm học 2016-2017 là 17,2 triệu đồng/người học/năm.
