BCĐ có nhiệm vụ chỉ đạo phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng liên quan đến các đơn vị hành chính-kinh tế đặc biệt. Hoạt động, phân công trách nhiệm cụ thể đối với các thành viên của BCĐ thực hiện theo quy chế hoạt động của BCĐ do Thủ tướng Chính phủ ban hành.
Theo quyết định, Ủy viên Bộ Chính trị, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc làm trưởng BCĐ. Ủy viên Bộ Chính trị, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình làm phó trưởng ban thường trực BCĐ.
Các ủy viên là lãnh đạo các cơ quan, bộ, ngành, địa phương liên quan. Bộ KH&ĐT là cơ quan thường trực BCĐ. Tổ giúp việc BCĐ gồm đại diện Bộ KH&ĐT, Văn phòng Chính phủ, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp và một số cơ quan liên quan.
