Liên quan đến vụ sai phạm trên, trước đó giám đốc trung tâm đăng kiểm đã quyết định kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với hai nhân viên của trung tâm là Nguyễn Nữ Trà My (nhân viên nghiệp vụ) và Nguyễn Thị Thanh Tâm (phụ trách kế toán).
Trung tâm Đăng kiểm phương tiện giao thông vận tải 78.01S - nơi xảy ra nhiều vi phạm về quản lý tài chính.
Theo kết luận của chánh thanh tra tỉnh, trong hai năm 2015 và 2016, trung tâm đăng kiểm thu hơn 104 tỉ đồng gồm phí đường bộ, phí kiểm định, lệ phí chứng nhận an toàn kỹ thuật. Từ nguồn thu này, trung tâm đăng kiểm được sử dụng hơn 9 tỉ đồng chi cho các hoạt động của đơn vị, đồng thời trích lập các quỹ khen thưởng, phúc lợi, ổn định thu nhập, phát triển hoạt động sự nghiệp.
Khi xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ, ông Nguyễn Ngọc Thành cùng các cán bộ cấp dưới đã tự đưa ra hàng loạt khoản phụ cấp để chi tăng thu nhập cho cán bộ, nhân viên trái quy định pháp luật, với tổng số tiền lạm chi gần 715 triệu đồng. Trong khi đó, các cán bộ, nhân viên không nộp thuế thu nhập gần 40 triệu đồng.
Ngoài ra, kết quả xác minh tố cáo của Sở GTVT tỉnh Phú Yên cho thấy một số nhân viên trung tâm đăng kiểm còn gây thất thu ngân sách nhà nước hơn 54 triệu đồng phí kiểm định ô tô.
Cũng theo kết quả xác minh của Sở GTVT, trung tâm đăng kiểm còn liên kết với bảy doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ bảo hiểm để bán bảo hiểm ô tô. Từ năm 2013 đến 2016, trung tâm đăng kiểm thu hơn 4,7 tỉ đồng phí bảo hiểm ô tô và được các doanh nghiệp trích hoa hồng 732 triệu đồng. Tuy nhiên, trung tâm đăng kiểm không hạch toán vào sổ sách tài chính kế toán mà tự chia cho cán bộ, nhân viên. Ngoài ra, một số cán bộ của trung tâm đăng kiểm còn nhận thêm hàng chục triệu đồng tiền bồi dưỡng từ các doanh nghiệp bảo hiểm để tổ chức bán bảo hiểm ô tô trong trung tâm.
Từ kết luận trên, chánh Thanh tra tỉnh Phú Yên yêu cầu trung tâm đăng kiểm thu hồi gần 715 triệu đồng đã chi phụ cấp tăng thu nhập cho người lao động trái quy định. Chánh thanh tra tỉnh cũng yêu cầu Sở GTVT tổ chức kiểm điểm các cá nhân liên quan đến việc duyệt quyết toán hằng năm nhưng vẫn để xảy ra sai sót.
