Liên quan đến Quyết định số 4088, Cục cho rằng quyết định này có một số nội dung ban hành không đúng thẩm quyền, trái với quy định của Hiến pháp năm 2013, Luật Đầu tư 2014, Luật Giao thông đường thủy nội địa 2004…
Cục Kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật cũng chỉ ra sáu nội dung có dấu hiệu trái pháp luật của Quyết định 4088 như quy định về niên hạn, vật liệu đóng tàu du lịch trái với quy định tại Nghị định số 111/2014; Thông tư số 43/2012/TT-BGTVT.
