Theo đó, KTNN chỉ ra các sai sót của Vinacomin như thực hiện thăm dò khi chưa có giấy phép, thăm dò vượt chiều sâu cho phép; thẩm định, phê duyệt đề án khi chưa được sự cho phép của cơ quan cấp phép thăm dò. KTNN cũng cho hay Vinacomin chỉ định thầu cho các đơn vị vừa lập đề án vừa thi công không đúng quy định. Quản lý và hạch toán chi phí thực hiện đầu tư vượt tổng mức đầu tư đã được phê duyệt tại dự án xử lý chống sạt lở mái ta luy đường nối quốc lộ 18A và mỏ than Ngã Hai tại Công ty Than Quang Hanh.
Bên cạnh đó, Vinacomin đã sử dụng quỹ môi trường sai quy định như sử dụng quỹ để đầu tư cho các dự án, đề án không đúng quy định từ năm 2010 đến 2014 là 238,68 tỉ đồng. Quản lý và quyết toán quỹ thăm dò và quỹ môi trường hằng năm còn nhiều sai sót, tồn tại như quyết toán sai đơn giá được ban hành, chi phí thẩm định, xét duyệt sai đối tượng được hưởng, các giá trị không đủ điều kiện quyết toán.
Cùng đó, KTNN cũng đề nghị Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) thực hiện kiểm điểm và chỉ đạo các đơn vị kiểm điểm, xác định rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan đến các tồn tại, sai sót trong việc mua xăng dầu của các doanh nghiệp khác không tuân thủ quy định tại Nghị định 84/2009 và Nghị định 83/2014 của Chính phủ về kinh doanh xăng dầu (Công ty CP Xăng dầu dầu khí Sài Gòn, Công ty CP Xăng dầu dầu khí Tây Ninh, Công ty Cổ phần Xăng dầu Mekong). Chỉ đạo Tổng Công ty Dầu Việt Nam (PV Oil) phối hợp với các cơ quan chức năng có liên quan kiểm tra làm rõ sai phạm về việc mua bán xăng dầu tại Petro Mekong và kiểm điểm, xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan theo đúng quy định của pháp luật.
