BV này được thành lập trên cơ sở tách ra từ khoa sản thuộc BV Đa khoa TP Cần Thơ với quy mô 250 giường; 21 khoa, phòng; một Trung tâm sàng lọc, chẩn đoán hình ảnh trước sinh và sơ sinh (phục vụ 12 tỉnh đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL), trừ tỉnh Long An). Tân Giám đốc BV Nguyễn Hữu Dự cho biết, sau bảy năm chuẩn bị đào tạo cán bộ nguồn nhân lực và phát triển các kỹ thuật chuyên sâu, đến nay BV đã đáp ứng hầu hết các nhu cầu phục vụ công tác khám, điều trị chăm sóc sức khỏe sinh sản tại TP Cần Thơ và cả khu vực ĐBSCL, trong đó có các kỹ thuật cao tuyến trung ương.
BV Phụ sản TP Cần Thơ là đơn vị đi đầu trong việc áp dụng thành công kỹ thuật nội soi trong chẩn đoán và điều trị bệnh lý phụ khoa, đặc biệt phẫu thuật nội soi trong các ca khối u buồng trứng, tử cung, bệnh ly sàn chậu; Củng cố và hoàn thiện nâng cao chất lượng dịch vụ chăm sóc bà me, giúp cho chị em phụ nữ tiếp cận nhanh chóng và đầy đủ các dịch vụ chăm sóc an toàn, hiệu quả.
Ngoài ra bệnh viện còn mở rộng thêm các kỹ thuật sàng lọc sơ sinh như sàng lọc tim bẩm sinh, khiếm khuyết thính lực bẩm sinh, tiến tới triên khai chẩn đoán di truyền trong sàng lọc trước sinh. Triển khai kỹ thuật cao trong thụ tinh trong ống nghiệm. Hỗ trợ phôi thoát mang bằng laser làm tăng tỉ lệ thụ thai. Bên cạnh đó, BV còn nhận khám nhi, cấp cứu điều trị nhi, khám điều trị cấp cứu sơ sinh theo nhiệm vụ được giao nhằm giảm bớt tình trạng quá tải cho Bệnh viện Nhi đồng Cần Thơ.
