Theo người khởi kiện, từ năm 2006 đến 2009, Công ty Vinh Phát thực hiện dự án nạo vét tận thu sản phẩm các đoạn Cù Lao Dung đi vào thị xã Sóc Trăng đoạn trước cảng Cần Thơ. Ngày 21-10-2010, cục trưởng Cục Thuế TP Cần Thơ ban hành Quyết định 993 xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với chi nhánh của Công ty Vinh Phát tại Cần Thơ. Hình phạt chính hơn 500 triệu đồng, truy thu thuế bảo vệ môi trường hơn 8 tỉ đồng.
Công ty Vinh Phát khởi kiện yêu cầu hủy Quyết định 993.
Trong giai đoạn tòa án giải quyết vụ án, ngày 18-7-2012, cục trưởng Cục Thuế TP Cần Thơ ra Quyết định 1258 điều chỉnh Quyết định 993. Theo đó, đối tượng bị xử lý vi phạm hành chính từ Chi nhánh Công ty Vinh Phát thành Công ty Vinh Phát, điều chỉnh hình thức phạt chính là 3 tỉ đồng, phạt 10% phí kê khai thiếu 500 triệu đồng, phạt phí chậm nộp hơn 3 tỉ đồng. Các nội dung khác của quyết định được giữ nguyên.
Công ty bổ sung yêu cầu khởi kiện, yêu cầu hủy Quyết định 1258.
Tháng 9-2015 xử sơ thẩm, TAND TP Cần Thơ nhận định Quyết định 993 vi phạm trình tự thủ tục, quá thời hạn ra quyết định xử phạt… Tuy nhiên, tòa chỉ hủy một phần Quyết định 993 và một phần Quyết định 1258 về nội dung hình phạt chính (tổng số tiền gần 4 tỉ đồng).
HĐXX phúc thẩm nhận định cơ quan thuế có sự nhầm lẫn trong việc xác định hành vi khai thác khoáng sản và hành vi nạo vét tận thu các sản phẩm khác. Công ty Vinh Phát là đơn vị thực thi dự án, hoàn toàn không phải là khai thác khoáng sản nên không phải là đối tượng nộp phí bảo vệ môi trường.
Theo tòa, cơ quan thuế căn cứ vào Thông tư 158/2011 của Bộ Tài chính để ban hành hai quyết định 993 và 1258 là không có cơ sở.
Thông tư 158 được ban hành ngày 16-11-2011 và có hiệu lực ngày 1-1-2012. Trong khi đó, Công ty Vinh Phát đã thực hiện dự án nạo vét từ 2006 đến 2009 là chấm dứt. Thông tư 158 không có hiệu lực hồi tố nên việc cơ quan thuế áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả khi thu thuế bảo vệ môi trường là không hợp lý.
Từ đó, HĐXX quyết định hủy toàn bộ Quyết định 993 và Quyết định 1258 của Cục Thuế TP Cần Thơ.
